Desde el momento en el que Nuestra Señora de la Merced encomendara a San Pedro Nolasco comenzar su misión redentora entre los cautivos cristianos, la Orden por él fundada en el s. XIII no estuvo sola en su caminar. A lo largo de los siglos, distintos movimientos seglares la han acompañado en su misión; miembros de la Orden  Tercera, cofrades, caballeros y cuestores han colaborado “en la recolección de limosnas, en la atención a los redimidos y otras obras de apostolado; respaldando su acción rogando asiduamente al Señor por la libertad de los cautivos, participando de los gozos y preocupaciones de la familia mercedaria y santificándose mediante el cultivo de la espiritualidad propia de la Orden” (COM 12; 117).
Así, en torno a la ciudad de Ferrol ya en los siglos XVII y XVIII, los Cofrades de la Merced dedicaban sus esfuerzos a la recolección de limosnas destinadas a la redención de cautivos que, tras una procesión, entregaban a un fraile mercedario que visitaba anualmente la zona. Tras un intervalo de más de un siglo de pausa, fue en el año de 1908, en el que el capellán 1º de la Armada, D. José Mª González Vázquez, junto con el Padre Provincial de Castilla, P. Ramón Serratosa, propusieron y obtuvieron el permiso del obispo de la diócesis, Mons. Juan José Solís Fernández, para fundar una casa mercedaria en la ciudad. Acción esta considerada necesaria al no contar Ferrol con una comunidad religiosa masculina. Habrían de instalarse en la casa del capellán del convento de la Enseñanza y, gracias al permiso de la Orden Tercera de Servitas, podrían oficiar en la iglesia de Nuestra Señora de los Dolores. Conseguido por el Padre Provincial el permiso del General, P. Pedro Armengol Valenzuela, el 10 de agosto de 1908 procedían a instalarse los cuatro primeros miembros de la Orden de la Merced. El 17 de septiembre el P. Serratosa funda y aprueba los Estatutos de la Cofradía de Nuestra Señora de la Merced. En noviembre de ese mismo año dejaban el convento de la Enseñanza y se instalaban en un piso de la calle Magdalena. Sin embargo, el momento clave de la instalación de los mercedarios en Ferrol se va a producir en el año 1910, mientras se celebraba el Capítulo Provincial en Sarria: el “Colegio de la Marina” instalado en la llamada Casa de García Fernández, se ponía a la venta, momento en el que el P. Antonio Rodríguez consigue el permiso del Capítulo y consigue comprarlo. Ahí se instalará el colegio de los padres mercedarios llamado de Nuestra Señora de la Merced 1. Es en el marco de este colegio cuando en enero de 1951, se procedía a la fundación de la “Cofradía de Estudiantes de la Santísima Virgen de la Merced”. Integrada por alumnos y ex – alumnos del colegio Tirso de Molina, siendo sus fundadores D. Demetrio Casares, D. José María Pérez y D. Antonio Gómez y contando con el apoyo de la comunidad mercedaria de dicha ciudad, a través del padre Peláez. Esta primera cofradía moderna se inscribía en el nuevo modo de entender la Semana Santa ferrolana que, a través de los distintos desfiles procesionales, llega hasta hoy en día. Por los diversos avatares de la historia eclesiástica de la diócesis, esta hermandad dejará de procesionar en 1972, siendo su Hermano Mayor, D. Francisco Vázquez.
En las vísperas del nuevo siglo, el movimiento seglar mercedario había experimentado en Ferrol un auge extraordinario con el crecimiento y fundación legal en el año 1999 del Movimiento Juvenil Mercedario de Galicia. Fruto de esta expansión se vio la necesidad de profundizar en la espiritualidad de la Orden. Varios laicos colaboradores del Movimiento antedicho, con el apoyo del P. José Ignacio Postigo Cacho, propusieron recuperar la idea de la antedicha Cofradía, y para ello crear ex-novo la Cofradía de la Merced del Movimiento Juvenil Mercedario. Esta creación se produjo en el año 2000 en el seno del MJM El 16 de abril de 2000 se llevaba a cabo la primera Ceremonia del Envío de los nuevos cofrades.
La nueva Cofradía recoge, conserva y actualiza en el s. XXI el legado de los cofrades mercedarios que, a lo largo del s. XX, han mantenido encendida la devoción a Nuestra Señora de la Merced en el seno de la Semana Santa ferrolana. Surgiendo dentro del mismo contexto, la comunidad mercedaria de Ferrol, es la plena continuadora histórica y religiosa de la Hermandad fundada en los años 50 del pasado siglo. La nueva creación, necesaria en el ámbito jurídico, no es óbice para afirmar dicha continuidad.
De este modo, el día 21 de abril de 2002, la Asamblea del Movimiento Juvenil Mercedario de Galicia aprueba los primeros Estatutos de la Cofradía de la Merced, adquiriendo esta personalidad jurídica propia en el momento en el que el P. Alejandro Fernández Barrajón, Provincial de la Orden en Castilla, confirmó los Estatutos, paso este necesario para ser reconocidos a nivel diocesano e integrarse en la Coordinadora de Cofradías de la Semana Santa ferrolana.
El 7 de abril de 2004 procesionaba por primera vez en solitario, con una imagen  de Nuestra Señora de nueva factura, obra de Jesús Méndez Lastrucci. La procesión se realizó a continuación de la Ceremonia del Envío.
El 23 de marzo de 2005 se incorporó a la procesión el Tercio del Cristo Redentor con la imagen titular tercio del mismo nombre de la antigua Cofradía. Este Tercio adquirió procesión titular el día 6 de abril de 2007, sacando a la calle el Cristo Redentor sobre cruz arbórea de nueva factura, obra del artista ferrolano Jesús Yánez Leira, coincidiendo con la adoración de la Cruz en los Oficios de Viernes Santo.
Por último, el 14 de diciembre de 2007 se aprobaron los nuevos  Estatutos por la Asamblea de la Cofradía de la Merced, recibiendo confirmación por el Padre Provincial de Castilla, el P. Justo Linaje Armiño.